「フットボールフロンティア」を見事制した雷門イレブン。
いつものように練習に励んでいると、
突然雷門中の方から、ものすごい爆音が！

あわてて校舎に向かう円堂たちが目にした衝撃的な光景！
謎の宇宙人「エイリア学園」が突如学校を襲ったのだ！

彼らは一体何者！？
彼らの足取りを追いつつ、最強のチームを作るため
イナズマキャラバンに乗って旅に出る！

新たな出会いと、かつてない最強の敵！
雷門中イレブンの新たなストーリーが幕を開ける！！

公式より。